La structure d'accueil du doctorant signe avec ce dernier un contrat de travail et avec le laboratoire académique un contrat de collaboration.
Le contrat de collaboration cadre les conditions et modalités de la recherche entre les deux partenaires, l’employeur et le laboratoire académique en couvrant notamment la répartition du travail entre les deux structures, les conditions de participation à des congrès, le financement des travaux aux sein du laboratoire, la propriété intellectuelle liée aux résultats des travaux … Il est à envoyer à l'ANRT dans les 6 premiers mois de la Cifre.